Интеграция в рамках Евразийского экономического союза имеет не только преимущества, но и влечет риски в сфере защиты прав на объекты интеллектуальной собственности таможенными органами. В связи с этим ряд инструментов и мер современного таможенного механизма защиты прав правообладателей нуждается в трансформации. Основными методами исследования стали системный подход, статистический анализ, формально-юридический метод. Установлено, что единый таможенный реестр объектов интеллектуальной собственности, декларируемый союзным таможенным законодательством в качестве основного инструмента защиты прав правообладателей, не введен в действие. Другим проблемным вопросом является факультативность применения процедуры «ex-officio» в качестве одной из мер по защите прав правообладателей таможенными органами государств-членов Евразийского экономического союза. Введение в действие единого унифицированного таможенного реестра объектов интеллектуальной собственности позволит таможенным органам осуществлять защиту прав правообладателей на всей территории Евразийского экономического союза, правообладателям избежать финансовых и временных издержек, затрачиваемых при внесении объекта интеллектуальной собственности в национальные таможенные реестры. С этой целью следует устранить два барьера: наладить информационное взаимодействие всех причастных структур и органов, а также рассмотреть возможность дифференциации страховой суммы, уплачиваемой правообладателем при включении своего объекта в реестр. Введение во всех государствах - членах Евразийского экономического союза в качестве обязательной меры по защите прав интеллектуальной собственности процедуры «ex-officio» посредством внесения поправки в текст Таможенного кодекса Евразийского экономического союза обеспечит унификацию таможенного законодательства и расширит количество защищаемых объектов.